Jawa adalah pusat penting untuk perjalanan feri ke Sumatra, Bali, Kalimantan, Sulawesi, dan Indonesia timur. Di barat, Merak–Bakauheni menghubungkan Jawa dengan Sumatra melalui Selat Sunda. Di timur, Ketapang–Gilimanuk menghubungkan Jawa dengan Bali melalui Selat Bali. Dari Tanjung Priok dan Surabaya, kapal PELNI juga melayani rute jarak jauh ke Makassar, Maluku dan Papua.
