Nusa Tenggara memiliki jaringan feri yang menghubungkan Lombok, Sumbawa, Flores, Timor dan pulau-pulau kecil di sekitarnya. Padangbai–Lembar menghubungkan wilayah ini dengan Bali, sementara Kayangan–Pototano menjadi jalur penting antara Lombok dan Sumbawa. Di timur terdapat rute menuju Kupang, Rote dan Flores. Untuk gambaran nasional, lihat Indonesia. Banyak rute kendaraan dilayani oleh ASDP, sementara kapal jarak jauh PELNI juga singgah di wilayah ini.
